また、『月刊少年エース』（角川書店）誌上で貞本義行による漫画もTVアニメ放送に先立って連載されている（2007年3月現在連載中）。この漫画はアニメの原作ではなく、アニメの企画・脚本などをもとに描かれている独自のストーリーである。
>>ＥＶＡＮＧＥＬＩＯＮ
（新世紀エヴァンゲリオンについての考察、
謎解き、解釈）
人類補完計画など、作品中ではその全貌や実体が明らかにされない数々の伏線を散りばめたストーリー、生物学・心理学・宗教関係の専門用語を多用したつくりはSFファンを中心に人気を集め、最終話に向けて視聴者の期待は盛り上がったが、第弐拾五話と最終話の2話は一転、それまでのストーリーとは断絶した主人公の内面世界の物語として描かれた[1]。エピローグについてはファンの間で激しく賛否両論の物議を醸したが、その結果としてアニメファン以外にまで認知され、むしろ人気は拡大していったといえる。
この最終2話については、主人公の内面を描いたTVシリーズに対し、それと同時に外面で起こっていた事象を描いたものが、翌1997年3月に劇場版『シト新生』として公開された。しかし、またしても制作が公開日に間に合わず未完。7月公開の『THE END OF EVANGELION Air / まごころを、君に』で物語は完結したものの、そのエンディングに対して再び賛否両論が百出した。
一部のカルト的人気から社会現象にまでなった、1990年代を代表するアニメ作品である。 キャラクターの心理的観点を表現するなど、後のアニメ作品のレベルを飛躍的に上げたり、多大な影響を与えたことから、『宇宙戦艦ヤマト』『機動戦士ガンダム』に続く第3次アニメ革命と言われる。いわゆるソフト化しての販売、購入価値の見出せる作風であったため、本作に倣い、以後、パッケージ製を強めたアニメ作品が急増した[2]。また、本作品のファンは「あまりアニメを見ない若者」や「心理学など現代社会の闇に関係されるものに興味を持った人たち」などにも広がり、新聞や一般言論誌でも作品の内容が取り沙汰された。2006年には文化庁メディア芸術祭の10周年記念企画として行われたアンケート「日本のメディア芸術100選」のアニメーション部門で、宮崎駿監督の劇場映画諸作品や『機動戦士ガンダム』といった名作を抑えて第1位に選出され、根強い支持を示した。
『拘束された強大な力』と言う庵野秀明のコンセプトから生まれた山下いくとによるロボットを超越したデザインも、従来のロボットものアニメの枠を超えるものであった。
また、この作品の成功はアニメブームに繋がり、放送後の1997年頃からは、首都圏でテレビアニメが週約50本放送される空前のブームとなった。本番組の深夜帯再放送における高視聴率をきっかけにアニメの深夜放送（いわゆる深夜アニメ）が増加したことと合わせて、現在のアニメ放送体系を決定付けたと言える。
